Theo các cuộc thăm dò được thực hiện bởi truyền thông chính thống, hầu hết người dân Nhật Bản đã coi lá cờ của Nhật Bản là cờ quốc gia ngay cả trước khi thông qua Đạo luật về Quốc kỳ và Quốc ca năm 1999.[89] Mặc dù vậy, những tranh cãi xung quanh việc sử dụng cờ trong các sự kiện ở trường học hoặc phương tiện truyền thông vẫn còn. Ví dụ, các tờ báo tự do như Asahi Shimbun và Mainichi Shimbun thường đăng các bài viết phê phán lá cờ của Nhật Bản, phản ánh một phổ quát chính trị từ các độc giả của họ.[90] Đối với những người Nhật Bản khác, lá cờ đại diện cho thời kỳ mà nền dân chủ bị đàn áp khi Nhật Bản là một đế chế.[91]

Việc treo quốc kỳ tại hộ gia đình và doanh nghiệp cũng được tranh luận trong xã hội Nhật Bản. Bởi vì liên kết của nó với các nhà hoạt động uyoku dantai (cánh hữu), những người chính trị phản động và cực đoan, một số hộ và doanh nghiệp không treo cờ.[23] Không có yêu cầu treo cờ trong bất kỳ ngày lễ quốc gia hoặc sự kiện đặc biệt nào. Thị trấn Kanazawa, Ishikawa, đã đề xuất kế hoạch vào tháng 9 năm 2012 sử dụng các quỹ của chính phủ để mua cờ với mục đích khuyến khích người dân treo cờ vào các ngày lễ quốc gia.[92] Đảng Cộng sản Nhật Bản thì phát ngôn chống lại lá cờ.

Suy nghĩ tiêu cực về quốc kỳ vẫn tồn tại ở các thuộc địa cũ của Nhật Bản cũng như trong chính lãnh thổ Nhật Bản, chẳng hạn như ở Okinawa. Một ví dụ đáng chú ý về điều này, vào ngày 26 tháng 10 năm 1987, một chủ siêu thị người Okinawa đã đốt cờ trước khi bắt đầu Đại hội Thể thao Quốc gia Nhật Bản.[93] Người đốt cờ là Shōichi Chibana đã đốt cháy Hinomaru không chỉ để thể hiện sự phản đối sự tàn bạo của quân đội Nhật Bản mà còn phản đối sự hiện diện liên tục của lực lượng Hoa Kỳ, và còn nhằm ngăn không cho nó xuất hiện trước công chúng.[94] Các sự cố khác ở Okinawa là việc xé cờ trong các buổi lễ ở trường, và học sinh từ chối tôn vinh lá cờ khi nó được kéo lên cùng nhạc "Kimigayo ".[24]

Tại thủ phủ Naha, Okinawa, Hinomaru được kéo lên lần đầu tiên khi Okinawa trở về với Nhật Bản trong dịp kỷ niệm 80 năm thành phố vào năm 2001.[95] Tại Trung Quốc và Hàn Quốc, cả hai đều bị chiếm đóng bởi Đế quốc Nhật Bản, việc áp dụng chính thức Hinomaru vào năm 1999 là phản ứng của Nhật Bản chủ động hơn về an ninh và tái vũ trang. Các cuộc tranh cãi về tình trạng của đền Yasukuni, Hợp tác quân sự Mỹ-Nhật và tiến hành chương trình phòng thủ tên lửa. Ở các quốc gia khác mà Nhật Bản từng chiếm đóng, luật năm 1999 đã gặp phải những phản ứng trái chiều và bị che đậy. Ở Singapore, thế hệ cũ vẫn có những cảm xúc xấu đối với cờ trong khi thế hệ trẻ không giữ quan điểm như vậy vì họ phần nhiều chấp nhận các khía cạnh văn hóa Nhật Bản thông qua anime, game và Uniqlo. Chính phủ Philippines không chỉ tin rằng Nhật Bản sẽ không trở lại chủ nghĩa quân phiệt, mà còn tin mục tiêu của luật năm 1999 là chính thức thiết lập hai biểu tượng (cờ và quốc ca) trong luật pháp và mọi quốc gia đều có quyền tạo ra các biểu tượng quốc gia của họ.[96] Nhật Bản không có luật hình sự đối với việc đốt Hinomaru, nhưng cờ nước ngoài không thể bị đốt ở Nhật Bản.[97][98]